民用航空无人机经营许可证的办理流程如下：

准备申请材料：需要准备的材料包括营业执照副本原件及复印件、法定代表人身份证原件及复印件、无人机购买合同或租赁协议原件及复印件、无人机驾驶员资格证书原件及复印件、飞行计划和空域使用申请原件及复印件等。在准备申请材料时，建议提前咨询所在地区的无人机管理机构或相关部门，以确保材料准备齐全、准确无误。

确定企业主体：无人机运营合格证办理可以是企业、个体户，社会团体，事业单位，法定代表人为中国籍公民，且具有当地工商局颁发的合法营业执照及法人身份证。

无人机实名登记：企业应至少拥有一架无人驾驶航空器，且以该企业名称在中国民用航空局“民用无人驾驶航空器实名登记信息系统”中完成实名登记。

培训能力：如果从事培训类经营活动，应具有行业主管部门或经其授权机构认可的培训能力。

投保责任险：投保无人驾驶航空器地面第三人责任险。

提交申请：将准备好的申请表格和相关材料，一并提交至当地民航局或相关管理部门。可以通过邮寄或亲自递交的方式提交申请材料。

审查和核实：民航局或相关管理部门会对申请材料进行审查和核实，包括申请人的资质和飞行计划的合理性等。如果申请材料存在问题或不完整，可能会要求申请人补充提供相关材料或修改申请表格。

现场检查：根据需要，民航局或相关管理部门可能会进行现场检查。申请人需要配合并提供必要的协助。

核发许可证：经过审查和检查合格后，民航局或相关管理部门会核发无人机经营许可证。

此外，不同风险级别的运营合格证，办理周期可能有所不同，开放类是7个工作日内下证。特定类和审定类一般在30-60个工作日内。所以企业可以根据自己的实际情况来决定办理哪一种风险级别的。